Kun kesäkurpitsa käytetään nuorena, ei kesäkurpitsan siemeniä tarvitse poistaa. Nuoressa kesäkurpitsassa siemenet ovat pehmeitä ja pieniä, eikä siementen ympärille ole kehittynyt mautonta verkkomaista sisärakennetta.
Jos kesäkurpitsa käytetään vanhempana, eli ”liian suurena”, ovat kesäkurpitsan siemenet niin kehittyneet, että sekä siemenet että niiden ympärillä oleva löysempi sisus on hyvä poistaa.

Siemenet ja sisus eivät sinänsä ole myrkyllisiä, mutta ne eivät käyttäydy esimerkiksi paistettaessa kunnolla eivätkä ole välttämättä esteettisesti kauniita ruoassa.
Kesäkurpitsa onkin hyvä käyttää niin tuoreena ja pienikokoisena, että siemenet eivät vielä juuri eroa muusta kurpitsan massasta. Silloin se on maukkaimmillaan.